Agencije se uspostavljaju aktom sekundarnog prava EU-a u kojem su jasno definisani njihovi specifični ciljevi, zadaci i krug djelovanja, po čemu se razlikuju od institucija Zajednice, poput Komisije, Vijeća ili Parlamenta. Agencije se često javljaju i pod drugim nazivima, kao centri, kancelarije, nadzornih centri i sl. Prve decentralizovane agencije osnovane su sedamdesetih godina 20. vijeka (npr. CEDEFOP ili EUROFOUND), a niz novih agencija nastao je devedesetih godina u svjetlu nastojanja na dovršenju zajedničkog tržista. Taj je drugi val ili tzv. druga generacija uspostavila model koji je prisutan i danas, a koji naglašava geografsku raspršenost agencija Zajednice kao i nužnost njihovih prilagođavanja novim tehničkim ili naučnim izazovima i zadacima.
Agencije Zajednice imaju vrlo sličnu strukturu i
način djelovanja, a grupisane su u pet grupa:
Agencije Zajednice
Agencije za zajedničku vanjsku i sigurnosnu politiku
Agencije za policijsku i pravosudsku saradnju u kaznenim pitanjima
Izvršne agencije
EURATOM agencije i tijela