Napoleonu se pripisuje uvođenje koncepta moderne armije na principu regrutovanja. Posle njega to su učinile i druge države u Evropi. Nije on uneo mnogo koncepata u francuski vojni sistem. On je većinu pozajmio od prethodnih teoretičara, a realizaciju od prethodnih francuskih vlada. On je samo proširio ili razvio ono što je već postojalo. Korpusi su kao najveće jedinice zamenile divizije. Artiljerija je integrisama u rezervne baterije, a konjica je ponovo postala ključna formacija francuske vojne doktrine.
Napoleonov najveći uticaj je u načinu kako se vodi rat. Oružje i tehnologija se nisu mnogo menjali za vreme revolucionarnih i Napoleonskih ratova, ali strategija iz 18. veka je bila bitno restruktuisana.
* Opsade su postale mnogo ređe, odnosno gotovo da nisu više bile značajne.
* Pojavila se nova težnja ka uništenju neprijateljske armije, a ne samo njenom izmanevriranju.
* Invazije neprijateljskih teritorija odvijaju se na širem frontu, pa se pojavljuje niz strateških mogućnosti koji rat čine skupljim, ali i odlučnijim
* Poraz je sad značio mnogo više nego gubitak izolovane enklave. Gotovo kartaški mir je označavao pojavu u kojoj su se ispreplitali nacionalni napori, sociopolitički, ekonomski i militaristički u veliki sukob.
U Francuskoj se smatra da je Napoleon okončao razdoblje bezvlašća i nereda, a njegovi ratovi su služili izvozu revolucije u ostale delove Evrope. Pokreti nacionalnog ujedinjenja, posebno u Italiji i Nemačkoj i uspon nacionalne države možda su bili uzrokovani Napoleonovom vladavinom tim teritorijama.
Napoleonov kodeks je prihvaćen u velikom delu Evrope i ostao je na snazi i nakon Napoleonovog poraza. Napoleon je za sebe rekao „Moja prva slava nije u tome da sam pobedio u 40 bitaka... Vaterlo će izbrisati pamćenje svih pobeda... Ali ono što nitko neće uništiti i što će večno trajati je moj građanski kodeks“. Profesor Siter Langeviše sa univerziteta u Tibingenu smatra da je kodeks revolucionarni projekt, koji je potakao razvoj buržoaskog društva u Nemačkoj razvijajući pravo na svojinu i prekidajući sa feudalizmom. Napoleon je zaslužan za reorganizaciju Svetog Rimskog Carstva, koje se sastojalo od više od 1.000 entiteta. Napoleon je to sveo u 40 država, koje su postale baza Nemačke konfederacije i budućeg ujedinjenja Nemačke 1871. godine.
Kritičari Napoleona smatraju da je zaslužan za veliki broj mrtvih u Francuskoj. Oko 6 miliona Evropljana je umrlo, Francuska je izgubila kolonije i bila država u bankrotu. Smatraju da je Napoleon Francusku pretvorio u drugorazrednu državu. Ponekad se tvrdi da je Napoleon inspiracija za kasnije autokrate. Napoleon je odbijao sve ponude evropskih vlada za kompromisima. Prihvatao je samo predaju.
Uzrok njegove smrti je predmet brojnih sporova. Napoleonov lični lekar Frančesko Antomarši je naveo rak želuca kao uzrok smrti. U dnevnicima Luja Maršana, koji su štampani tek 1955. godine opisan je Napoleon u mesecima pred smrt. Ti opisi su naveli mnoge da zaključe da je Napoleon otrovan arsenikom. Arsenik se ne može otkriti u ishrani, ako se daje u malim količinama tokom dužeg vremenskog perioda. Paskal Kinc iz Strazburškog instituta za sudsku medicinu našao je da je u Napoleonovoj kosi nivo arsenika 7 do 38 puta veći od normalnog. Časopis „Nauka i život“ (Science & Vie) angažovao je grupu istraživača da proveri tvrdnje o arseniku. Pokazala se slična koncentracija arsenika u uzorcima kose iz 1805, 1814. i 1821. godine. Šef toksikologije pariske policije tvrdi da bi Napoleon ranije umro da je arsenik bio uzrok smrti. Zaključci grupe koju je angažovao naučni časopis bila je da je Napoleon koristio tonik za kosu. Pre otkrića antibiotika arsenik se koristio za lečenje sifilisa. Zbog toga su se pojavile spekulacije da je Napoleon bolovao od sifilisa.
U maju 2005. godine tim švajcarskih doktora utvrdio je da je uzrok Napoleonove smrti bio rak želuca, koji je bio uzrok smrti i njegovog oca. Jedna opsežna studija iz 2007. nije našla dokaz o arseničkom trovanju unutrašnjih organa, koje bi izazvalo vidljiva krvarenja.
