Pravoslavlje se od samog početka razvijalo s obeležjem nacionalne vere i crkve, i sa vidnom tolerancijom među pravoslavnim crkvama. Nasuprot tome, u krilu rimokatoličke crkve nije postojala nikakva crkvena samostalnost. To znači - ni samostalnost crkava u srednjoj i severnoj Evropi. Upravo to je bio glavni razlog što se u XVI veku pojavio snažan pokret reformacije, koji je predvodio Martin Luter. Težilo se, naime, uvođenju reformi unutar crkve. Na prvom svenemačkom saboru u Špajeru, 1526. godine, bilo je priznato pravo nemačkim pokrajinskim crkvama da se mogu slobodno reformisati, i ustanovljen je princip verske tolerancije s uvažavanjem i priznavanjem razlika. To je značilo i veću slobodu i versku samostalnost u odnosu na centralizam Katoličke crkve na čelu sa papom. Međutim, to nije trajalo dugo. Tri godine kasnije ove slobode su bile ukinute.
Protiv ukidanja prava na versku toleranciju i slobodu ustali su tzv. evangelistički staleži. Oni su uložili oštar „protest“, zbog čega se čitav ovaj pokret, koji je dobio šire, evropske razmere, naziva zajedničkim imenom: protestantizam (od protestatio - protest). Katolički staleži, međutim, nisu uložili protest. Još iz toga vremena južni delovi Nemačke ostali su privrženi Rimokatoličkoj crkvi, dok su severnonemačke pokrajine prihvatile protestantski verski program. Sve što protestantske crkve razlikuje od Rimokatoličke crkve jeste prihvatanje Svetog pisma kao jedinog legitimnog izvora vere, i odbacivanje svih crkvenih odluka, dakle i odluka Rimokatoličke crkve i njenog poglavara pape. Protestanti smatraju da papa i sabori treba da budu podređeni autoritetu Svetog pisma. Protestanti smatraju da je sadržaj Biblije otvoren za tumačenje svakom verniku. Dve protestantske crkve, kako je rečeno, u prvom redu kalvinizam i luteranstvo, odbacuju čistilište kao izmišljotinu. Savremeni protestantizam ima dva svoje ogranka: Luteransku i Anglikansku crkvu. Većina protestantskih crkava nastala je odvajanjem od Anglikanske crkve. U osnovi, protestantske crkve pokrivaju područja severne Evrope. Osim severne Nemačke, u nju spadaju sve skandinavske zemlje, zatim, Holandija, Francuska.
U Engleskoj je razvijen poseban vid protestantske crkve pod nazivom Anglikanska crkva. To su širom sveta rasprostranjene regionalne ili nacionalno određene crkve, poput pravoslavnih crkava, dakle, sa znatnom autonomijom. Odlikuje ih „duh tolerancije“. Protestantske crkve odbacuju obožavanje svetaca, ikona i relikvija, što ih razlikuje i od katoličke i od pravoslavnih crkava.
Crkve rimokatoličke veroispovesti deluju u Španiji, Italiji, Austriji, Poljskoj, Mađarskoj, južnoj Nemačkoj, Sloveniji i Hrvatskoj. Da bi suzbila jeresi (izraz koji označava „odstupanje od zvaničnog stava crkve“, u ovom slučaju od katoličkog programa vere), i da bi se efikasno suprostavila reformaciji, Rimokatolička crkva je u vremenu od 1545. do 1563. godine krenula u protivreformaciju. Ona je oformila militantni crkveni odred jezuita za borbu protiv reformacije i ustanovila nadležni crkveni sud - Inkviziciju. Ovaj protivudar Rimokatoličke crkve nije slomio otpor severnoevropskih zemalja i njihovo nastojanje da se verski osamostale. Na svom Tridentskom koncilu održanom 1563. godine, Rimokatolička crkva je konačno priznala za svoje zvanično crkveno učenje teološku misao Tome Akvinskog (od 1225 - 1274).
