Tokom 1690-ih godina Newton je napisao veći broj religioznih traktata (rasprava) baveći se bukvalnim tumačenjima Biblije. Henri Morov vjerovanje u univezumu i odbacivanje kartezijanskog dualizma moglo je utjecati na ove Newtonove religiozne ideje. Manuskript koji je poslao Johnu Loku, u kojem on osporava postojanje svetog Trojstva nije nikada objavljeno. Kasniji radovi - "Dopuna hronologije kraljevstva starog vijeka" (1728) i "Primjedbe na račun proročanstava Danielovih i apokalipse svetog Ivana" (1733) - bili su objavljeni nakon njegove smrti. On je takođe posvetio veliki dio svoga vremena alhemiji.

Newton je takođe bio i član engleskog parlamenta od 1689. do 1690. kao i u 1701. ali njegov jedini zabilježeni komentar u parlamentu bila je žalba zbog hladnoće i propuha u sali iza koje je uslijedio i njegov zahtjev da se zatvori prozor.

Njutn je prešao u London da bi preuzeo dužnost upravnika Kraljevske kovnice novca 1696. položaj koji je stekao pod pokroviteljstvom Charlesa Montagija (Charles Montagu) prvog Earla od Halifaksa, tadašnjeg ministra finansija. On je preuzeo odgovornost nad engleskim velikim kovanjem novca, ponekad stajući na žulj upravitelju Lucasu (i izdvejstvujući Edmondu Halley posao pomoćnog kontrolora privremene Chester podružnice). Newton je postao vjerojatno najpoznatiji upravnik Kraljevske kovnice, nakon Lukasove smrti u 1699, i na tom položaju ostao je sve do svoje smrti. Ovo zaposlenje trebao je biti sinekura (posao bez mnogo odgovornosti ili angažiranja), ali Newton ga je shvatio ozbiljno, oslobađajući se svojih dužnosti u Cambridgeu 1701. i koristeći svoju moć da reformira valutu i da kažnjava "grebatore" (prevarante koji su grebali materijal s rubova zlatnih i srebrnih novčića i tako obezvređivalo njihovu vrijednost-radi toga su novčići kasnije izrađivani sa nazubljenim rubovima) i falsifikatore novca. Kao upravnik kovnice Newton je funtu sterlinga neslužbeno prebacio iz srebrnog u zlatni standard, stvaranjem veza između zlatnika i srebrnog penija po osnovu "Zakona Kraljice Ane". To su bile velike i važne reforme u to vrijeme, koje su značajno popravile bogatstvo i stabilnost Engleske. Zvog ovog njegovog rada u kovnici novca, više nego zbog njegovih prijašnjih doprinosa nauci, on je stekao titulu viteza (Sera) u službi Kraljice Ane, 1705. godine.

Njutn je 1703. godine postao predsjednik Kraljevskog društva i član francuske Akademije znanosti. Na položaju predsjednika Kraljevskog društva on je stekao neprijatelja u Johnu Flamstidu (John Flamsteed), kraljevskom astronomu, tako što je preuranjeno objavio i koristio u svojim studijama Flamstidov zvjezdani katalog.

Newton je umro u Londonu, 20. februara 1727. godine, i pokopan je u Westminsterskoj opatiji. Njegova polu-nećaka, Katrina Barton Konduit (Catherine Barton Conduitt), pomagala mu je kao domaćica u društvenim poslovima u njegovoj kući u Ulici Džermin (Jermyn Street) u Londonu, i on je bio njen "veoma voljeni ujak", u skladu sa pismom koje joj je uputio dok se oporavljala od boginja. Mada Njutn nije imao djece, on je u zadnjim godinama života zaveštao svojim rođacima većinu svoga nasljedstva, tako da je umro praktički bez oporuke. Njegova znatna pokretna imovina podijeljena je ravnopravno između njegovih osam polu-nećaka i polu-nećakinja (tri Pilkingtona, tri Smitsa i dva Bartona, uključujući i Katrinu Barton Konduit. Njegovo imanje u Vulstrop Manoru prešlo je u ruke njegovog zakonitog nslednika, Johna Newtona (Samo bog zna zašto je tako veliki čovjek imao tako lošeg reprezenta), koji je, poslije šest godina "borbi pijetlova, konjskih utrka, bančenja, i ludovanja" bio prinuđen da stavi hipoteku nad imanjem Vulstrop Manor i da ga tako proda prije svoje smrti uslijed jedne nesreće u pijanom stanju.

Njutnova grobnica u Westminsterskoj opatiji

Nakon smrti, u Njutnovom tijelu otkrivena je značajna količina žive, što je vjerojatno posljedica njegovih alhemijskih traganja. Ovo trovanje živom možda bi moglo objasniti Njutnovo ekscentrično ponašanje u kasnijim godinama života.