Povratak na tron

Kleopatra je sada bila odlučna iskoristiti Cezarov bijes na Ptolomeja da se vrati na tron. Godine 48.p.n.e. je koristeći svoje zavodničke i diplomatske sposobnosti , uspjela  Cezara privući na svoju stranu u dinastiji i postati njegova ljubavnica. Legenda kaže da se vratila na palaču umotana u tepih kako je straža nebi primjetila , te se odmotala pred Cezarom te ga Očarala svojom domišljatošću. Nakon kratog građanskog rada Ptolomej Xlll se utopio u Nilu a Cezar je vratio Kleopatru na tron. Njenim novim suvladarem proglašen je njen najmlađi brat Ptolomej XIV, sa kojim se također vjenčala, ali ga isključila iz svih državnih poslova i ostala u vezi sa Cezarom.

Cezaru je poslje rodila sina Cezariona . Kleopatra je otišla u Rim sa Cezarom gdje je on ubijen. Nakon Cezarove smrti vratila se u Egipar jer je nešto ranije umro njen brat Ptolomej, pa je svog sina kojeg je imala sa Cezarim proglasila svojim suvladarem i nasljednikom. Kako bi osigurala svoj opstanak na tronu naručila je ubistvo svoje mlađe sestre, što je tad bilo uobičajno.

Kasnije je zavela Cezarovog generala i pristalicu Marka sa njim se vjenčala po egipatskim zakonima i par je imao djecu, i ako je u Rimu marko imao već ženu. Nakon osvajanja koj je izvršio Marko  Antonije Sva kleopatrina djeca su postavljena na tron svih novopostavljenih kraljevstva, a Kleopatra je sebe počela nazivati kraljicom kraljeva. Na strani Marka Kleopatra će se boriti protiv Oktavijana. Nakon bitke kod Akcija 31. Godine p.n.e pobjednički Oktavijan je okupirao Egipat i učinio ga rimskom provincijom.